Los murciélagos, ocupan nichos en todos los hábitats, excepto en las regiones polares, los océanos o las montañas más altas.

La mayor parte son insectívoros, pero tienen una amplísima variedad de dietas; algunos se especializan en una gama de alimentos relativamente estrecha y otros son omnívoros.

Casi todos los murciélagos comen de noche y descansan de día, en sitios muy variados según las especies, como cuevas, edificaciones, agujeros, grietas o al aire libre.

Algunas especies son solitarias, pero otras, como el murciélago cola de ratón , forman colonias de 20 y hasta 50 millones de individuos en algunas cuevas de Texas y el noroeste de Estados Unidos, que consumen entre 45 y 250 toneladas de insectos cada noche​ , ademas los murciélagos son vivíparos, y muchas especies han desarrollado una compleja fisiología reproductiva.

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Los hábitos alimenticios de los murciélagos es  casi tan variado como los de todos los mamíferos en conjunto, y esta diversidad dietética es responsable en gran medida de la diversidad morfológica, fisiológica y ecológica que se aprecia en estos animales. Se alimentan de insectos y otros artrópodos, fruta, polen, néctar, flores, hojas, carroña, sangre, mamíferos, peces, reptiles, anfibios y aves.​

Sus preferencias alimentarias varían mucho entre los dos subórdenes de murciélagos existentes y entre las distintas familias. Los megaquirópteros solo comen fruta, polen y néctar aunque en ocasiones complementan su dieta con carroña y pequeñas aves o peces, pero entre los microquirópteros existe una gran variedad de dietas. El peculiar murciélago neozelandés Mystacina tuberculata es una especie omnívora, como Phyllostomus o algunas especies neotropicales. La familia Phyllostomidae tiene una extensa variedad en hábitos de alimentación y ecología y cuenta por sí sola prácticamente con todas las dietas explotadas por los demás quirópteros, e incluye también a las únicas tres especies hematófagas (que se alimentan de sangre).​